Die Pfarre Afden wurde erstmals 1116 erwähnt. 1178 übertrug der Herzog von Limburg die Kirche der Abtei Rolduc. Die mittelalterliche Kirche mußte im 17. Jahrhundert einem Neubau weichen.
Die Mauern des Langhauses der heutigen Kirche gehören noch diesem Bau an. 1835/36 enstanden das östliche Querhaus und ein neuer Chor. Beide Elemente sind noch heute erhalten. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts war die Gemeinde auf rund 4.500 Gläubige angewachsen.
Pfarrer Caspar Thywissen ließ daher 1912-14 durch den Kölner Diözesanbaumeister Heinrich Renard weitere Anbauten an der Kirche ausführen: die beiden Seitenschiffe, das westliche Querhaus und den heutigen Chor.
Turm und Sakristei wurden aus Kostengründen erst 1959 bzw. 1965 errichtet. Mit der Erweiterung der Kirche 1913/14 wurde auch eine neue Innenraumausmalung notwendig.
Die Arbeiten übernahm der Kirchenmaler Josef Renard. Erst Ende der 80er Jahre wurde die ursprüngliche Ausmalung vereinfachtwiederhergestellt. (Weitere Informationen: www.st-gertrud.info)